選択範囲内だけで置換をできますか？

現在の仕様ではできません。今後、ユーザーの皆様の声をうかがって変更するかもしれません。

[すべて置換] ボタンをクリックした場合には、カーソルが置かれているストーリー内のすべての検索対象が置換されてしまいます。選択範囲に関係ありません。

これは、山猫の手の仕様です。

デフォルトの「検索と置換」ダイアログボックスの場合、まず選択範囲内で置換をして、その後、以下のようなメッセージが表示されます。
山猫の手では、このようなことができません。

範囲を限定する場合には、１つ１つ確認しながら置換をするか、デフォルトの「検索と置換」ダイアログボックスを使ってください。